Szyfrowanie danych znane już było od starożytności. To właśnie stąd pochodzi jedna z najstarszych metod zwana szyfrem Cezara. Polega ona na tym, że każdy znak tekstu jawnego jest przesuwany o trzy pozycje w prawo. Innym przykładem tego rodzaju algorytmu jest prosty programik dostarczany wraz z systemem UNIX - ROT13. Różni się on jedynie tym, że przesunięcie jest równe 13, a nie 3. Daje to te dogodność, że ten sam program może szyfrować i odszyfrowywać daną wiadomość - alfabet ma 26 znaków, więc po dwukrotnej rotacji dostaniemy tekst początkowy.
Metoda taka należy do kategorii prostych szyfrów podstawieniowych i jest łatwa do złamania - szyfry podstawieniowe nie zmieniają właściwości statystycznych występowania danego znaku. Oznacza to, że badając częstotliwość występowania danego znaku w języku, możemy z dużym prawdopodobieństwem go odtworzyć.
Trochę lepsze wyniki przedstawiają homofoniczne szyfry podstawieniowe, które jednemu znakowi tekstu jawnego przyporządkowują kilka znaków. Te były już używane w 1401r. przez księcia Mantui. Kolejną modyfikacją wprowadzoną do szyfrów podstawieniowych było wykorzystanie kilku alfabetów. Zmiana alfabetu może występować np. wraz z pozycją znaku w szyfrowanym tekście. Algorytm taki został wprowadzony przez Leona Battistę w 1568r. Był on również wykorzystywany przez armię Konfederatów podczas wojny domowej w USA.
Sposobem na utrudnienie analizy częstotliwości jest szyfrowanie poprzez podstawianie bloków liter określonej długości zamiast pojedynczych liter. Zauważymy wówczas zmniejszenie dysproporcji w zakresie częstotliwości występowania poszczególnych konfiguracji liter w bloku. Takim szyfrem jest np. Playfair, wprowadzony w 1854r. i stosowany przez Brytyjczyków w czasie I wojny światowej.
Oprócz szyfrów podstawieniowych znamy z historii również szyfry przestawieniowe - to takie, w których wszystkie znaki tekstu jawnego pojawiają się w tekście zaszyfrowanym, lecz w innej kolejności. Algorytm tego rodzaju o nazwie "ADFGVX" był stosowany przez Niemców podczas II wojny światowej. Mimo swojej złożoności został on złamany przez francuskiego kryptoanalityka George'a Painvina.
Ponieważ szyfry przestawieniowe są uciążliwe w stosowaniu, w latach dwudziestych naszego stulecia skonstruowano wiele maszyn, które miały zautomatyzować proces szyfrowania. Najbardziej znaną maszyną tego typu jest Enigma, która była stosowana przez Niemców podczas II wojny światowej. Szyfr Enigmy został złamany jeszcze podczas wojny przez trzech polskich matematyków: Mariana Rejewskiego, Henryka Zygalskiego i Jerzego Różyckiego.

Tajemniczeją rzeczy, fantastycznieją zdania, I mówić coraz trudniej, i milczeć coraz boleśniej.
(Julian Tuwim (1894-1953), Biblia cygańska. Życie codzienne)

Współcześnie w kryptografii stosuje się dwa rodzaje systemów szyfrowych. Pierwszy nosi nazwę kryptografii klucza tajnego (private key cryptography) lub też kryptografii symetrycznej (symmetric cryptography). W systemie tego typu do szyfrowania i deszyfrowania wiadomości wykorzystywany jest ten sam klucz. Oczywista staje się więc potrzeba utrzymania tego klucza w ścisłej tajemnicy. W odniesieniu do środowiska sieci komputerowych tego typu wymagania stają się dość uciążliwe. Na korzyść kryptografii klucza symetrycznego przemawia jednak szybkość działania zastosowanych tu algorytmów, które były projektowane specjalnie pod tym kątem oraz dużej liczby możliwych kluczy.
Współcześnie w kryptografii stosuje się dwa rodzaje systemów szyfrowych. Pierwszy nosi nazwę kryptografii klucza tajnego (private key cryptography) lub też kryptografii symetrycznej (symmetric cryptography). W systemie tego typu do szyfrowania i deszyfrowania wiadomości wykorzystywany jest ten sam klucz. Oczywista staje się więc potrzeba utrzymania tego klucza w ścisłej tajemnicy. W odniesieniu do środowiska sieci komputerowych tego typu wymagania stają się dość uciążliwe. Na korzyść kryptografii klucza symetrycznego przemawia jednak szybkość działania zastosowanych tu algorytmów, które były projektowane specjalnie pod tym kątem oraz dużej liczby możliwych kluczy. Pierwszym rozpowszechnionym na szeroką skalę systemem klucza tajnego jest DES (Data Encryption Standard). Został on opracowany przez firmę IBM w latach 70-tych na bazie algorytmu Lucifer Horsta Feistela. W 1977 Narodowe Biuro Standardów USA (ANSI) zaakceptowało ten algorytm jako standard szyfrowania danych nie utajnionych przez agencje rządowe. W dwadzieścia lat później szyfr ten został złamany. Stało się to dla klucza 52-bitowego dającego w sumie ponad 72 kwadryliony kombinacji (wg specjalistów aby mówić o bezpieczeństwie, trzeba używać kluczy o długości 80 bitów, a najlepiej 128 bitów). Rocke Verser - programista z Loveland w Kolorado, który nadzorował prace nad łamaniem szyfru w grupie nazwanej DESCHALL - użył najprostszej z możliwych metod - ataku siłowego - tzn. przetestował każdy możliwy klucz. Grupa miała dużo szczęścia, ponieważ na rozwiązanie udało im się natrafić po pokonaniu ok. 25 procent możliwych kombinacji (atak ten trwał od lutego '97 do lipca '97).
Inne powszechnie używane algorytmy kryptografii klucza symetrycznego to:
    a) DESX - prosta modyfikacja algorytmu DES
    b) Blowfish - algorytm wynaleziony przez Bruce'a Schneiera. Wykorzystywano go wielokrotnie w różnych aplikacjach. Nie są znane żadne ataki przeciwko niemu. Blowfish jest używany w wielu popularnych programach kryptograficznych, np. Nautilius i PGPfone
    c) IDEA (International Data Encryption Algorithm) - opracowany w Zurychu przez Jamesa L. Masseya i Xuejie Lai i opublikowany w 1990 roku. IDEA używa 128-bitowego klucza i uważany jest za algorytm mocny (tzn. dotychczas nie złamany). Wykorzystywany jest m.in. przez program PGP do szyfrowania danych oraz wiadomości przesyłanych pocztą elektroniczną. Jego publiczne wykorzystanie zostało poważnie ograniczone ze względu na uzyskanie nań kilku patentów.
    d) SAFER - algorytm rozwinięty przez J.L. Masseya (jednego z współtwórców IDEA). Twierdzi się że zapewnia bezpieczne szyfrowanie przy dość) szybkiej implementacji nawet na 8 bitowych procesorach. Dostępne są dwie odmiany, jedna dla kluczy 64 bitowych, a druga dla 128 bitowych.
    e) RC2 (Rivers Cipher 2) - opracowany przez Ronalda Rivesta. Stanowił tajemnicę handlową firmy RSA Data Security do 1996 roku, kiedy to został ujawniony w anonimowym liście przesłanym do jednej z grup dyskusyjnych. Algorytm ten jest mocny, jednak istnieje grupa kluczy mniej odpornych na złamanie. Dostępny jest w różnych wersjach umożliwiających stosowanie klucza o długości od 1 do 2048 bitów.
    f) RC4 (Rivers Cipher 4) - opracowany przez Ronalda Rivesta. Podobnie jak RC2, stanowił tajemnicę do czasu ujawnienia w 1994 roku w anonimowym liście przesłanym do jednej z grup dyskusyjnych. Jest również algorytmem mocnym, umożliwiającym stosowanie klucza o długości od 1 do 2048 bitów.
    g) Skipjack - algorytm zaproponowany przez NIST do użytku w szyfrujących układach elektronicznych Clipper i Capstone. Układy te wyposażono jednak w mechanizm umożliwiający odpowiednim służbom rozkodowanie informacji, teoretycznie po uzyskaniu zezwolenia sądowego.

Drugi z kolie system, o wiele bardziej praktyczny, nazywany jest kryptosystemem klucza publicznego (public key cryptography) lub też kryptografią asymetryczną (asymmetric cryptography). W przeciwieństwie do metody klucza tajnego komunikujące się strony używają dwu różnych kluczy - jednego do zaszyfrowania przesyłki (klucz publiczny lub jawny), drugiego do jej rozkodowania (klucz tajny lub prywatny). Kiedy ktoś chce zaszyfrować swoją przesyłkę stosuje klucz publiczny adresata. W takim przypadku wiadomość odszyfrować może drugi klucz z pary - klucz tajny znany jedynie właściwemu odbiorcy przesyłki.
Najbardziej znanymi algorytmami klucza publicznego są:
    a) RSA (nazwa pochodzi od pierwszych liter nazwisk autorów) - opracowany przez Ronalda Rivesta, Adi Shamira i Leonarda Adelmana na uniwersytecie MIT. Siła algorytmu bazuje na złożoności problemu rozkładu dużych liczb naturalnych na czynniki pierwsze. RSA jest opatentowany w USA i korzystający z tego systemu muszą wnosić) opłaty licencyjne. Nie dotyczy to jednak rynku europejskiego, gdyż algorytm został opublikowany przed jego opatentowaniem w USA. Niewątpliwie algorytm ten jest najbardziej rozpowszechniony, jednocześnie jest uznawany za najbardziej odporny na ataki siłowe.
    b) El Gamal - bazuje na skomplikowanych obliczeniach logarytmów dyskretnych.
    c) Diffie-Hellman (nazwa pochodzi od nazwisk autorów) - opracowany przez Whitfielda Diffie i Martina Hellmana. Algorytm nie może być) bezpośrednio stosowany do szyfrowania danych. Pozwala raczej na wyznaczenie przez nadawcę i odbiorcę jednego, tajnego klucza do szyfrowania bez konieczności wcześniejszej wymiany jakichkolwiek poufnych informacji. Tak wyznaczony klucz może być) później wykorzystany do szyfrowania danych przy pomocy któregoś z algorytmów systemu klucza tajnego.

Większość z wymienionych powyżej metod szyfrowania znajduje zastosowanie w życiu codziennym. Przykładem może być technologia SSL (Secure Sockets Layer), opracowana przez Netscape Communications. SSL umożliwia szyfrowanie i uwierzytelnianie przekazywanych informacji oraz ustalanie prawdziwej tożsamości komunikujących się serwerów i przeglądarek WWW. Wersja 3 specyfikacji SSL przewiduje stosowanie algorytmów szyfrowania: DES, IDEA, RC2 i RC4, algorytmy RSA i DSS do tworzenia podpisów cyfrowych, natomiast w procesie negocjacji kluczy szyfrowania - stosowanie algorytmu Diffego-Hellmana. Zabezpieczenie przez SSL strony dokumentu hipertekstowego posiadają odmienny format adresu URL: "https://".